拳皇99手机版是一款由SNK授权CMGE打造的版本，是较少人玩过的一个版本。相比与前作，在这里去掉了能量槽的继承，增加了紧急回避的时间，还新增了更多的新设定，让格斗变得更多样化。游戏还对画面和格斗手感进行优化，为玩家们带来更畅快的格斗游戏体验。
游戏特色
1、该版本没有了模式选择，而改为所有人物通用的最大蓄满三颗宝珠的能量槽。
2、取消了能量槽的继承系统。
3、缩短了紧急回避的距离，加快了紧急回避的时间。
4、首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，并且新增爆气发动的反击模式和防护模式。
5、对战模式也更改为4VS4，启用了创新的援护系统，队伍中第四人作为援护，可发动援护攻击。
游戏亮点
1、可使用蓝牙进行双人对战。
2、为玩家提供了无敌、无限必杀、八神模式、一击必晕及战前偷袭等多种热血模式。
3、设置了大招键， 玩起来更HIGH。
4、使用虚拟摇杆操作，可与好友尽情享受PK的乐趣。
新人推荐游玩的角色
1、坂崎良 (Ryo)：
他是 99 里的“数值怪”。招式非常扎实，虎煌拳（波）配合虎咆（升龙）能应对大部分局面。最关键的是他的判定极强，普通攻击的距离和硬直都很优秀，不需要复杂的连招就能打出高伤害。
2、特瑞 (Terry)：
招式性能极其全面。能量波、火焰冲拳和碎石踢覆盖了远、中、近所有距离，招式指令（半圈或四分之一圈）对新手非常友好，是手感最容易培养的角色。
3、二阶堂红丸 (Benimaru)：
他是靠“普通攻击”就能赢的角色。他的跳跃重脚和站立轻腿判定极远且收招快，即便不会连招，只靠乱踢和雷韧拳这种单发技能，也能让对手很难接近。
99版的改动内容
1. 援护系统 (Striker System)
这是 99 版本最标志性的变化。
四人组队：不同于以往的 3 人对战，玩家现在需要选择 4 名角色。
3+1 模式：前 3 名角色上场战斗，第 4 名角色作为“援护（Striker）”。
援护炸弹 (Strike Bomb)：通过按 B+C 键召唤援护角色进行辅助攻击。初始拥有 3 个援护次数，每输掉一个小局会增加一个，上限为 5 个。
2. 模式切换 (Counter & Armor Mode)
99 取消了传统的 Extra 和 Advanced 模式选择，改为在战斗中消耗全部 3 格能量槽（Stocks）来手动开启两种临时增强状态：
反击模式 (Counter Mode)：
触发方式：A+B+C。
特点：角色闪烁红色。攻击力提升，可无限次使用超必杀技，并支持“Super Cancel”（必杀技取消接超必杀技）。
反震/装甲模式 (Armor Mode)：
触发方式：B+C+D。
特点：角色闪烁黄色。防御力大幅提升，受到攻击时不会出现受击硬直（霸体状态），防御必杀技不扣血，但期间无法使用超必杀技。
3. 闪避系统的变化
前后闪避：99 的闪避带有位移，向前闪避（A+B）是向斜前方滑行，而不再是原地的侧身闪避，这改变了以往的立回（距离控制）节奏。